Σημαντικά είναι τα προβλήματα που ανακύπτουν για τις επιχειρήσεις, όταν κατά τη διάρκεια φορολογικών ελέγχων προκύπτουν διαφορές (ελλείμματα-πλεονάσματα) στο ταμείο.

Με τις ισχύουσες διατάξεις (Πολ. 1027/2005) προβλέπεται η διενέργεια ελέγχου ταμείου και αξιογράφων κατά τους διενεργούμενους φορολογικούς ελέγχους επιτηδευματιών με διπλογραφικά βιβλία και ορίζονται οι συνέπειες επί διαπίστωσης διαφορών. Έτσι, ανάλογα και με το είδος των διενεργούμενων ελέγχων, η επαλήθευση του ταμείου διενεργείται, πριν από οποιαδήποτε άλλη ελεγκτική επαλήθευση και ανεξαρτήτως της ελεγκτικής υπηρεσίας που διενεργεί τον έλεγχο. Σε κάθε περίπτωση τακτικού ελέγχου, λαμβάνει χώρα η επαλήθευση, υποχρεωτικώς και ως προς το ταμείο και ως προς τα αξιόγραφα και πάντα με αναγραφή σχετικής μνείας στην εκδιδόμενη οικεία εντολή του τακτικού ελέγχου. Σε ό,τι αφορά τους προσωρινούς και προληπτικούς ελέγχους, η παραπάνω επαλήθευση, ανεξαρτήτως ελεγκτικής υπηρεσίας, πραγματοποιείται μόνο εφόσον αυτό αναγράφεται ρητά στην εντολή ελέγχου.

Ειδικότερα, σε ό,τι αφορά τη διαδικασία που ακολουθείται για τον έλεγχο του ταμείου, πραγματοποιείται καταμέτρηση των μετρητών από τον υπεύθυνο της επιχείρησης παρουσία των ελεγκτών και συντάσσεται σχετικό πρωτόκολλο καταμέτρησης, το οποίο υπογράφεται από τον υπεύθυνο της επιχείρησης και τους ελεγκτές. Στη συνέχεια, εξάγεται το υπόλοιπο του ταμείου (λογαριασμός 38.00), επί του οποίου προστίθενται οι εισπράξεις και αφαιρούνται οι πληρωμές μέχρι την ημέρα και ώρα του ελέγχου και το τελικό ποσό θα συγκρίνεται με το αποτέλεσμα της καταμέτρησης. Σημειώνεται ότι είναι σκόπιμο να ελέγχεται το ταμείο και σε ημερομηνίες προγενέστερες της τελευταίας ενημέρωσής του, καθώς επίσης να γίνονται αθροίσεις με βάση τα υφιστάμενα παραστατικά εισπράξεων και πληρωμών για το διάστημα που μεσολαβεί από την τελευταία ενημέρωσή του μέχρι και την ημέρα του ελέγχου, για τη διαπίστωση τυχόν πιστωτικών υπολοίπων σε ενδιάμεσες ημερομηνίες.

Oι προκύπτουσες από τον έλεγχο ταμείου αρνητικές ή θετικές διαφορές, πέραν των λοιπών συνεπειών και ανεξάρτητα από την προέλευσή τους, προστίθενται σε κάθε περίπτωση στα καθαρά κέρδη της ελεγχόμενης επιχείρησης, θεωρούμενες ουσιαστικά ως λογιστικές διαφορές και παράλληλα οι διαφορές αυτές προστίθενται στα ακαθάριστα έσοδα της επιχείρησης, προκειμένου αυτά να ληφθούν υπόψη για τον προσδιορισμό του ΦΠΑ και κάθε άλλου φόρου, τέλους ή εισφοράς στις λοιπές φορολογίες.

Σε αυτό το σημείο αξίζει να αναφερθεί ότι καταρχήν και σύμφωνα με την ΔΕΔ 1379/2019 , το έλλειμμα ταμείου δεν αποτελεί αντικείμενο επιβολής ΦΠΑ, παρά μόνον εάν η φορολογική αρχή τεκμηριώσει ότι το έλλειμμα οφείλεται στην απόκρυψη εσόδων που υπάγονται σε ΦΠΑ.

Την παραπάνω θέση αιτιολογεί αφενός το άρθρο 64 του Ν 4174/2013 σύμφωνα με το οποίο: «Η Φορολογική Διοίκηση έχει την υποχρέωση να παρέχει σαφή, ειδική και επαρκή αιτιολογία για τη νομική βάση, τα γεγονότα και τις περιστάσεις που θεμελιώνουν την έκδοση πράξεως και τον προσδιορισμό φόρου», και αφετέρου η απόφαση του τμήματος Β΄ του Συμβουλίου της Επικρατείας 1877/2014 με την οποία κρίθηκε ότι προϋπόθεση για την επιβολή ΦΠΑ είναι η άσκηση δραστηριότητας έναντι αμοιβής, πλην των περιπτώσεων καταβολής ΦΠΑ επί τεκμαρτών εκροών που προβλέπονται από τα άρθρα 7 και 9 του N 2859/2000. Επιπροσθέτως με νέα απόφαση του Τμήματος Β΄ του Συμβουλίου της Επικρατείας 3176/2017 κρίθηκε, καθ’ ερμηνεία της διατάξεως του άρθρου 48 του N 2859/2000 «περί κυρώσεως Κώδικα Φόρου Προστιθεμένης Αξίας», ότι κατά τον προσδιορισμό των ακαθαρίστων εσόδων για την επιβολή φόρου προστιθεμένης αξίας καμία δέσμευση δεν υφίσταται, κατά νόμο, από όσα έχουν γίνει δεκτά στην φορολογία εισοδήματος, ότι, συνεπώς, προκειμένου να προσδιορισθούν τα ακαθάριστα έσοδα των επιχειρήσεων που υπόκεινται σε φόρο προστιθεμένης αξίας, διενεργείται αυτοτελής έλεγχος των βιβλίων και στοιχείων της επιχειρήσεως και συντάσσεται ιδιαίτερη αυτοτελής έκθεση, η οποία περιλαμβάνει τις διαπιστώσεις του ελέγχου, και ότι δεν αρκεί ο έλεγχος των βιβλίων και στοιχείων που έχει γίνει στη φορολογία εισοδήματος και ο προσδιορισμός, με βάση τα δεδομένα του ελέγχου αυτού, των ακαθαρίστων εσόδων τόσο στην φορολογία εισοδήματος όσο και στην φορολογία προστιθεμένης αξίας, χωρίς, πάντως, να αποκλείεται να συμπέσουν οι διαπιστώσεις του ελέγχου και στις δύο φορολογίες.

Προκειμένου να αποφευχθούν αυθαίρετες λογιστικές καταχωρήσεις στο λογαριασμό των ταμειακών διαθεσίμων απαραίτητο είναι κάθε ταμειακή κίνηση να ακολουθείται και από το κατάλληλο παραστατικό τεκμηρίωσης της συναλλαγής, διότι όπως αναφέρεται στο άρθρο 5, σχετικά με τη «Διασφάλιση αξιοπιστίας λογιστικού συστήματος» του Ν 4308/2014 : Κάθε συναλλαγή και γεγονός που αφορά την οντότητα τεκμηριώνεται με κατάλληλα παραστατικά (τεκμήρια). Τα παραστατικά αυτά εκδίδονται είτε από την οντότητα είτε από τους συναλλασσόμενους με αυτήν είτε από τρίτους, σε έντυπη ή σε ηλεκτρονική μορφή, σύμφωνα με τα οριζόμενα στο νόμο αυτόν. Τα παραστατικά αναφέρουν όλες τις απαραίτητες πληροφορίες για την ασφαλή ταυτοποίηση κάθε μίας συναλλαγής ή γεγονότος, και σε κάθε περίπτωση όσα ορίζει ο παρών νόμος».

Με την έναρξη ισχύος του Ν 4308/2014 για τα Ελληνικά Λογιστικά Πρότυπα η παρουσίαση ελλείμματος ταμείου δεν κρίνει την ανακρίβεια ή την ανεπάρκεια των λογιστικών αρχείων, όπως με το προηγούμενο καθεστώς του ΠΔ 186/1992 , αλλά η παράβαση τιμωρείται με πρόστιμο 2.500,00 ευρώ